El fin de la Salobreña musulmana se sitúa en el año 1.489, cuando tras la caída de Baza y Almería, toda la costa de Granada, bajo control de El Zagal, pasará a dominio castellano. La intervención de Francisco Ramírez de Madrid en la conquista de Salobreña fue sin duda decisiva, en premio de lo cual, los Reyes Católicos lo nombraron alcaide de su fortaleza. La rebelión de los habitantes de la ciudad a favor de Boabdil en 1.490, marcará el proceso de ocupación de la zona por los castellanos. Los musulmanes de las alquerías quedaron en sus lugares, mientras que la ciudad será ahora ocupada íntegramente por los castellanos, quedando prácticamente despoblada durante mucho tiempo. La definitiva expulsión de la población musulmana se produjo con la rebelión de los moriscos granadinos en la Navidad de 1.568, en la Alpujarra. Los moriscos de la zona de Salobreña también se levantarían en armas por lo que en febrero de 1.569 tuvo que intervenir el Marqués de Mondéjar para someterlos.
Por lo que a la agricultura se refiere, la caída del Reino de Granada no supuso una disminución en la superficie ocupada por este cultivo, en el siglo XVI la industria del azúcar era todavía pujante, siendo este producto el más extendido de la vega de Motril-Salobreña. Pero es durante los siglos XVII y XVIII, cuando experimenta una crisis lenta y profunda, hasta que a mediados del siglo XVIII, desapareció prácticamente, siendo sustituido por el algodón.
Sobre el urbanismo de Salobreña en esta época poco sabemos, Mármol Carvajal nos aporta algunos datos : "Salobreña es una villa muy fuerte que por arte y por naturaleza de sitio : está en la orilla del Mar Mediterráneo, puesta sobre una peña muy alta : adelante tiene una isleta y a poniente della una playa muy abrigada de levante, donde llegan a surgir los navíos. La villa está cerrada de muros(...). En lo más alto hacia el cierzo tiene un fuerte castillo (...)la cual fuera capaz de seiscientas casas si tuviera toda poblada, más en este tiempo no tenía más de ochenta vecinos". La población se concentraría en el actual barrio de la Villa, distribuida en torno a la antigua Plaza del Ayuntamiento e Iglesia Parroquial de Nuestra Señora del Rosario.
La Edad Contemporánea se abre en nuestras tierras con un conflicto bélico de hondo calado: la Guerra de Independencia, entre los años de 1812 y 1814, Salobreña se integrará en la partida de la costa, capitaneada por el alcalde de Otivar, Juan Fernández Caridad, que hostigará sin descanso a las tropas francesas que ocuparon la zona.
El siglo XIX verá un nuevo resurgir del cultivo de la caña de azúcar y su industria. El agotamiento del cultivo algodonero hacia el 1.840, inició un nuevo ciclo de expansión de la caña de azúcar. Los adelantos tecnológicos que se habían experimentado en Cuba desde principios del siglo XIX, se adaptaron a nuestra zona. Estas innovaciones se basaban en el uso del vapor como fuerza motriz y como fuente de calor para la concentración y limpieza del producto y propiciaron que el cultivo de la caña volviera a ser dominante en la vega del Guadalfeo, hasta que en el siglo XX, entrara nuevamente en crisis. Entre las iniciativas empresariales de esta época destaca en Salobreña la construcción de la Fábrica "Nuestra Señora del Rosario" por D. Joaquín Agrela Moreno, comprando para ello unos terrenos situados en la Caleta de Salobreña.
Llegamos al siglo XX, en el que la pérdida del carácter militar de Salobreña y el resurgimiento de la industria azucarera, motivan la ampliación del perímetro urbano de la villa lo que obliga a la demolición de restos de murallas. Ya en la década de los 50 y 60, la expansión urbana se realiza hacia la Cañada. No será hasta los 70 y 80, cuando el casco urbano se expande por los terrenos de vega colindantes a la roca. El boom turístico de la década de 1960 no repercutió en Salobreña como en otras zonas, a pesar de que en 1964 fue declarada zona de interés turístico nacional, y sería a partir de los años 80 cuando inicie un gran despegue. Salobreña es hoy un pueblo que tiene sus miras puestas en el turismo para su futuro desarrollo, que ha visto aumentada su trama urbana espectacularmente en la última década superando su población los 10.000 habitantes.